Balai Besar Perikanan Budidaya Air Payau (BBPBAP) Jepara dalam kedudukannya sebagai Unit Pelaksana Teknis dibawah Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya merupakan Lembaga yang memiliki tanggung jawab dalam penyebaran teknologi pembudidayaan ikan air payau dengan wilayah kerja di seluruh wilayah Indonesia. Sebagai usaha untuk merealisasikan tujuan dan fungsi BBPBAP Jepara tersebut, diselenggarakan sistem tata kelola (governance) yang terorganisasikan dengan baik.

Sejak bulan Mei tahun 2023, BBPBAP Jepara menjadi salah satu institusi yang mengalami transformasi dalam penyelenggaraan pengelolaan keuangan yakni menjadi institusi yang menerapkan pola keuangan Badan Layanan Umum (BLU) yakni berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor : KMK 163 Tahun 2023 tentang Penetapan Bala Besar Perikanan Budidaya Air Payau Jepara sebagai Instansi Pemerintah yang Menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum. 

Sebagai BLU, BBPBAP Jepara berusaha melakukan berbagai pembenahan Tata Laksana (sistem pengelolaan) dengan terlebih dahulu melakukan evaluasi diri secara menyeluruh. Berbagai usulan perubahan sistem pengelolaan organisasi tersebut dikembangkan dengan mengacu pada ketentuan perundangan yang berlaku. Sebagai sebuah instansi pemerintah yang menerpkan pengelolaan keuangan BLU, hal‐hal yang menyangkut penyelenggaraan BBPBAP Jepara secara fungsional dibina oleh Dirjen Perikanan Budidaya. Untuk bidang kepegawaian dibawah pembinaan Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi, dan pembinaan di bidang pengelolaan keuangan dilaksanakan oleh Menteri Keuangan.

Tugas Pokok

Sesuai degan PermenKP No. 67/PERMEN-KP/2020 Tugas pokok BBPBAP Jepara adalah “Melaksanakan uji terap Teknik dan kerja sama, pengelolaan produksi, pengujian laboratorium, mutu pakan, residu, kesehatan ikan dan lingkungan, serta bimbingan teknis perikanan budidaya air payau”

Fungsi

Dalam melaksanakan tugas pokok BBPBAP Jepara menyelenggarakan fungsi-fungsi : (1) Identifikasi dan penyusunan rencana program teknis dan anggaran, pemantauan dan evaluasi serta laporan; (2) Pelaksanaan uji terap teknik perikanan budidaya air payau; (3) Pelaksanaan penyiapan bahan standarisasi perikanan budidaya air payau; (4) Pelaksanaan sertifikasi sistem perikanan budidaya air payau; (5) Pelaksanaan kerja sama teknis perikanan air payau; (6) Pengelolaan dan pelayanan sistem informasi, dan publikasi perikanan budidaya air payau; (7) Pelaksanaan layanan pengujian laboratorium persyaratan kelayakan teknis perikanan budidaya air payau; (8) Pelaksanaan pengujian mutu pakan, residu, serta kesehatan ikan dan lingkungan budidaya air payau; (9) Pelaksanaan bimbingan teknis laboratorium pengujian; (10) Pengelolaan produksi induk unggul, benih bermutu, dan sarana produksi perikanan budidaya air payau; (11) Pelaksanaan bimbingan teknis perikanan budidaya; (12)  Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga.