Sejarah Balai Besar Pengembangan Budidaya Air Payau Jepara dimulai pada tahun 1971, diawali dengan berdirinya forum Research Center Udang (RCU) yang secara hierarkhi berada di bawah Badan Penelitian dan Pengembangan Perikanan, Departemen Pertanian. Sasaran utamanya yaitu meneliti siklus hidup udang windu (Penaeus monodon) dari proses kematangan telur (gonad), perkembangan larva sampai sampaumur secara terkendali untuk selanjutnya dibudidayakan di tambak. Pada tahun 1978 menurut SK Menteri Pertanian RI No. : 306/Kpts/Org/5/1978 perihal susunan organisasi dan tatalaksana balai, telah diatur dan ditetapkan forum yang semula berjulukan Research Center Udang menjadi Balai Budidaya Air Payau (BBAP).

BBAP Jepara ini merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang berada dibawah Direktorat Jenderal Perikanan, Departemen Pertanian. Seiring dengan perkembangan kemajuan teknologi akuakultur, dimana komoditas yang dikembangkan tidak hanya terbatas pada udang windu saja, tetapi juga komoditas ikan bersirip, ekinodermata dan moluska air. Pada periode ini BBAP Jepara telah berhasil menorehkan prestasi gemilang yang menjadi pendorong bagi perkembangan industri udang secara nasional. Keberhasilan yang diraih yaitu dengan diterapkannya teknik pematangan gonad induk udang dengan cara ablasi mata, sehingga hal tersebut sanggup mengatasi kesulitan penyediaan induk matang telur. Dimana Induk Matang Telur yang pada masa itu merupakan problem yang serius. Dengan keberhasilan inovasi teknik ablasi mata tersebut telah besar lengan berkuasa aktual terhadap pengembangan perjuangan pembenihan (hatchery).

Selanjutnya selain keberhasilannya dalam hal teknik ablasi mata, pada periode 1979-1988 BBAP Jepara juga telah berhasil melaksanakan pengkajian teknologi pembenihan udang skala rumah tangga (backyard hatchery).   Dalam waktu yang singkat perjuangan backyard hatchery ini telah berkembang dan meningkatkan pendapatan masyarakat pesisir & nelayan sekitar Jepara. Sejak tahun 1993 perjuangan ini mulai berkembang ke daerah-daerah lain di Indonesia.

Pada kurun masa kepemimpinan Presiden Abdurrahman Wahid, telah dibuat Departemen Eksplorasi Laut dan Perikanan yang merupakan cikal bakal Kementerian Kelautan dan Perikanan. Berdasarkan SK Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor : 26C/MEN/2001, BBAP Jepara mengalami perubahan nama & status (eselonisasi) menjadi Balai Besar Pengembangan Budidaya Air Payau (BBPBAP), peningkatan status dari eselon III menjadi eselon II. Kedudukan BBPBAP Jepara merupakan Unit Pelaksana Teknis yang secara administratif dan teknis bertanggung jawab pada Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya, Kementerian Kelautan & Perikanan. Lalu pada tahun 2014 berdasarkan SK Menteri Kelautan dan Perikanan No. 6/PERMEN-KP/2014 telah dilaksanakan perubahan nama menjadi Balai Besar Perikanan Budidaya Air Payau (BBPBAP) Jepara.